%0 Journal Article %A 陈小平 %A 洪彦彬 %A 张二华 %A 刘海燕 %A 梁炫强 %T 高通量花生转录组分析系统的构建与应用
%D 2011 %R %J 中国油料作物学报 %P 235-241 %V 33 %N 3 %X 采用PC机为硬件平台,基于Linux操作系统,以Perl语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker,Blast,Bioperl等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序,其中以assemble.pl为主程序的序列组装,以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST,进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。
%U http://www.jouroilcrops.cn/CN/abstract/article_476.shtml