变异位点信息 Variation sites information | 齐佩华 Chippewa | 矮脚早 Aijiaozao | 不耐荫子代池 Shade-sensitive pool | 耐荫子代池 Shade-tolerant pool |
|---|---|---|---|---|
| 内含子Intronic | 308 698 | 309 423 | 238 022 | 231 325 |
| 基因区间Intergenic | 2 418 189 | 2 427 587 | 1 903 252 | 1 732 717 |
| 可变剪切位点Splicing | 627 | 636 | 468 | 488 |
| 基因上游Upstream | 186 199 | 187 229 | 141 783 | 137 671 |
| 基因下游Downstream | 157 037 | 157 547 | 119 713 | 115 032 |
| 基因上游/基因下游Upstream/downstream | 12 062 | 12 169 | 8 996 | 9 087 |
| 5’非翻译区UTR5’ | 22 872 | 22 977 | 17 708 | 17 234 |
| 3’非翻译区UTR3’ | 28 787 | 28 986 | 22 314 | 22 196 |
| 终止子提前Stop gain | 1 586 | 1 588 | 1 222 | 1 143 |
| 终止子丢失Stop loss | 255 | 255 | 198 | 195 |
| 同义突变Synonymous | 46 852 | 46 917 | 36 819 | 35 892 |
| 非同义突变Non-synonymous | 64 674 | 64 807 | 50 059 | 49 900 |
| SNP总数SNP numbers | 3 284 376 | 3 296 356 | 2 565 861 | 2 375 637 |
| 纯合突变SNP Hom SNP number | 3 277 649 | 3 289 593 | 2 559 560 | 2 369 398 |
| 杂合突变SNP Hete SNP number | 6 727 | 6 763 | 6 301 | 6 239 |
| 纯合突变SNP 比率Hom SNP rate（%） | 99.80 | 99.79 | 99.75 | 99.74 |
| 杂合突变SNP 比率Het SNP rate（%） | 0.20 | 0.21 | 0.25 | 0.26 |
| 转换Ts | 2 127 254 | 2 135 306 | 1 656 728 | 1 526 282 |
| 颠换Tv | 1 153 429 | 1 157 307 | 905 511 | 845 685 |
| 转换/颠换 Ts/Tv | 1.84 | 1.85 | 1.83 | 1.80 |
