高通量花生转录组分析系统的构建与应用

摘要/Abstract

摘要： 采用PC机为硬件平台，基于Linux操作系统，以Perl语言作为主要的程序编辑语言，整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker，Blast，Bioperl等软件或模块，构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序，其中以assemble.pl为主程序的序列组装，以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST，进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类，为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息，也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。

关键词: 花生, 转录组, 分析系统, 高通量

中图分类号:

S565.2

陈小平，洪彦彬，张二华，刘海燕，梁炫强 . 高通量花生转录组分析系统的构建与应用
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